Это вытекает из письмао Минфина. Хотя оно касается зачета сумм излишне уплаченного НДС, полагаем, отраженный в письме подход применяется и к переплате по другим федеральным налогам. Точка зрения ведомства не является бесспорной.

Допустимо зачесть сумму переплаты по одному федеральному налогу в счет погашения недоимки по другому. При этом указано, что в п. 9 ст. 226 НК РФ установлен запрет уплачивать НДФЛ за счет средств налогового агента. Разъяснение можно трактовать так: работодатель должен перечислить в бюджет именно те средства, которые были удержаны из дохода сотрудника, значит, в счет недоимки по НДФЛ нельзя зачесть переплату по другому федеральному налогу. 

Если организация решит в счет недоимки по НДФЛ зачесть переплату по другому федеральному налогу, есть риск, что возникнет спор с проверяющими. Налогоплательщик может попытаться отстоять свою позицию в суде, опираясь на другие разъяснения Минфина и постановления арбитражных судов. В них подтверждается правомерность зачета в подобной ситуации.

Документ: Письмо Минфина России от 30.08.2016 N 03-07-11/50432